卧式摇床具有加热和制冷的双向控温功能，它可根据用户的试验要求，加快或减慢卧式摇床的（升温、降温）速度，这也是智能型卧式摇床独有的功能。这独有的功能如操作不当，往往会给实验过程造成负面影响。
卧式摇床室温以上的操作方式：以设定37度为例，当温度升至30度左右时，摇床的加温速度会降慢，温度升至36度时，升温会很缓慢。这种升温方式目的是为了达到温度控制的精确性和稳定性，所以摇床温度设定37度时，温度过冲不超过0.2度，之后温度就会往下回，这样极大地保护了样品的安全性。当恒温摇床温度稳定后其温度的控制精度为正负0.1度。
卧式摇床室温以下的操作方式：低温运行时，可以分为压缩机频繁启动和压缩机常开二种方式，当恒温摇床 温度设置15度以下时，我们建议压缩机选择常开，这样有利于保温度控制的精度。当卧式摇床温度设置15度以上时，可选择压缩机频繁启动，这时摇床温度的稳定性会降低，会有正负0.5度范围内的波动，此时如果用户对实验温度要求较高时，也可选择常开压缩机这样温度更稳定，温度波动范围更小。所以选择何种方式制冷，要根据使用者的实际需求再选择。
